Дата была выбрана в связи с событием, произошедшим 19 марта 1906 года, когда по указу императора Российской империи Николая II в классификацию судов военного флота был включен новый класс боевых кораблей — подводные лодки.
С той поры в России и появился новый праздник «День моряка-подводника», однако после Октябрьской революции 1917 года отмечать его перестали.
К началу первой мировой войны в составе российского военно-морского флота числились уже 22 боеспособные подлодки, еще 24 строились. Бригады, дивизионы и отряды их базировались на Балтике, Черном море и Тихом океане.
В первую мировую войну 1914-1918 годов подводные лодки широко применялись для борьбы на морских коммуникациях, уничтожения надводных кораблей противника, как средство противолодочной обороны, для ведения оперативной разведки и высадки диверсионных и разведывательных групп, а также в качестве транспортных средств.
К началу Великой Отечественной войны в составе четырех флотов имелось 212 подводных лодок.
В годы Великой Отечественной войны от ударов советских субмарин фашисты потеряли на море 35% всех своих боевых кораблей и транспортов.
С оснащением подводных лодок баллистическими и крылатыми ракетами — носителями ядерного оружия, появлением на подводных лодках ядерных энергетических установок подводные силы вышли в океан и стали главной ударной силой ВМФ, обладающей высокой мобильностью, скрытностью, способностью решать оперативно-стратегические и стратегические задачи.
Почти девять десятилетий спустя, праздник был возрождён. 15 июля 1996 года Главнокомандующий Военно-Морским Флотом России адмирал флота Феликс Громов подписал приказ № 253, в котором предписывалось отмечать «День моряка-подводника» ежегодно, 19 марта.
Традиционно в этот день проводятся торжественные вечера, собрания, концерты, митинги и встречи с подводниками. Главнокомандующий ВМФ России направляет поздравление подводникам флотов и ветеранам-подводникам. Особо отличившиеся моряки подводных сил России награждаются государственными наградами, памятными подарками, грамотами и благодарностями от командования.
