Предки ругуджинцев жили в двенадцати селениях, расположенных вокруг нынешнего аула в Гунибском районе Дагестана.
Образовался аул Ругуджа еще до распространения ислама в горах Дагестана. В ауле сохранилось немало старинных построек, среди которых особое место занимает большое здание на вершине холма. По преданию, этот дом был христианской церковью. Ругуджинцы его так и называют: «церковный дом». Грузинский исследователь П. Иоселиани вообще считает, что аул основали русские.
Главным занятием ругуджинцев до революции было скотоводство. Кроме того, жители аула владели ювелирным и оружейным искусством. Некоторые из них переняли у чохцев владение техникой эмали. Но больше всего ругуджинцы прославились умением изготавливать седла.
С 1937 по 1944 гг. Ругуджа был центром Гунибского района. В этом ауле в 1840 году родилась легендарная исполнительница собственных песен, классик аварской поэзии Анхил Марин.