Есть несколько версий происхождения названия аула. По одной, он так назван в честь одного из трех братьев Карабудаха. Двое других основали Губден и Кадар. По другой версии, аул назван в честь сорта пшеницы, которую местные жители возделывали с незапамятных времен — «кьра бу — дай». Сейчас уверенно можно сказать только то, что в названии аула присутствуют два кумыкских слова «къара» — черный и «будай» или «будагь» — пшеница. Первые поселенцы на территории нынешнего аула Карабудахкент появились в эпоху палеолита, около 40 тысяч лет назад. Расположение аула очень удачное — в долине реки Манасозень, окаймленной с северо-запада речкой Параулозень и с юго — востока — Губденозень. А в центре возвышается гора — Егараул. До середины 60-х годов прошлого века аул был окружен прекрасными садами, но сейчас почти все деревья вырублены, а на их месте появились новые дома.
Основным занятием карабудахкентцев практически всегда было земледелие, и наличие земельного участка определяло положение в обществе. Аульчане также занимались садоводством и животноводством. Практически все орудия труда были местного изготовления. В ауле были свои мастера. Сам аул издавна делился на четыре квартала, в каждом из которых была своя мечеть. Кварталы имели своего старшину. Во второй половине XIX века в ауле уже насчитывалось 19 мечетей, во главе которых стоял мулла. Первая русская школа была открыта в 1880 году, правда, в 1891 году ее закрыли из-за недостатка учеников, а первая бесплатная больница на 10 коек была открыта в 1896 году. В 1858 году через Карабудахкент дважды проезжал Александр Дюма.
