Название аула происходит от слов «бо» — войско и «лъалхъи» — остановка, буквально «место привала войска». Существует и другая версия о происхождении названия, связанная с расположением аула на краю оврага, наиболее выгодной для фортификации местности.
В период арабских завоеваний в VII-VIII вв. ботлихцы остаются вне влияния арабов. Сами ботлихцы распространение ислама связывают с именем Абу-Муслима и его потомками. В период с XII по XIV вв. усиливается процесс христианизации миссионерами из Грузии. Принятию христианства способствовало также наличие в Аварии сильного централизованного государства Серир. Правитель Серира был в династических связях с царями Грузии и Алании.
Ботлих с самого возникновения был расположен на открытой, не защищенной естественными преградами местности — шобда. Поэтому ботлихцы большое внимание уделяли оборонному фактору. Селение было укреплено боевыми башнями, число которых доходило до восьми. Поначалу они принадлежали отдельным тухумам, но в целом считались общественным достоянием. Во время нападения внешних врагов башни использовались как убежище для населения. Кроме башен, к числу оборонительных сооружений относятся трое ворот, которые закрывали въезд в аул.
Укрепление Ботлиха было продиктовано также узловым его расположением. Не случайно царское командование еще в начале движения горцев среди других пунктов выбрало Ботлих для сооружения крепости.
Ботлихцы вели оживленную торговлю с Закавказьем и Северным Кавказом, но после присоединения Грузии к России в 1801 г. была установлена торгово-экономическая блокада. Такими методами царизм пытался покорить горцев и склонить их на свою сторону. В 30-е годы XIX в. царское командование окончательно запретило ботлихцам иметь сношения с Грузией и плоскостной частью Дагестана. В этих условиях они стали активными участниками национально-освободительной борьбы под руководством Шамиля. Тот прекрасно понимал стратегически важное положение Ботлиха и поэтому всячески старался склонить ботлихцев на свою сторону. Это ему быстро удалось. Ботлихцы принимали активное участие во многих военных походах, а также в обороне Ахульго.
После покорения Дагестана Ботлих становится опорным пунктом царских войск. Сегодня в Ботлихе расквартирована одна из пограничных частей, а сами ботлихцы являются активными защитниками Государственной границы РФ.
