На территории современного Цудахара обнаружены стоянки людей еще эпохи верхнего палеолита и мезолита. Существует легенда о том, как появилось название этого аула. Лакский хан попросил жителей Цудахара выставить дозор в местности недалеко от Кумуха и в случае приближения врага предупредить кумухцев разожженным костром, пламя которого должны были увидеть в селе. Однажды до жителей Кумуха дошел слух, что враг уже на подступах, но они сказали: не может этого быть, ведь огня-то не было! По-лакски это звучит так: «Цу дакъари».
Цудахарский союз сельских общин находился на стыке земель трех народностей – аварцев, даргинцев и лакцев. Это был влиятельный союз в Верхней Даргинии, образовавшийся еще в первые века второго тысячелетия. Он включал в себя несколько даргинских сел. Из Цудахара исходили законы и нормы сельской жизни. Основными родами деятельности цудахарцев во все времена были земледелие и животноводство. Позднее развитие получили домашние промыслы и ремесла, среди которых выделялись обработка шерсти и кожевенное дело.
Ханов в Цудахаре не было никогда. На вершине социальной иерархии стоял цудахарский кадий, который передавал свою власть по наследству. Общество делилось на сословия: привилегированное, свободные крестьяне-уздени (большая часть населения) и зависимые люди.
Во время Кавказской войны Арслан-кадий агитировал жителей Цудахара помогать Шамилю. В обращении к генерал-лейтенанту Гурко он поставил свою подпись. В нем было сказано: «Цель нашего желания состоит в том, чтобы вы оставили Дагестан. Иначе беспрестанно и упорно будем продолжать с вами войну».
