О названии аула есть несколько преданий. В одном из них говорится, что Мекеги произошло от тюркского слова «минкент», что означает «тысяча домов – большое село». Так назвали аул тюркоязычные захватчики, когда не смогли взять его.
В преданиях говорится, что раньше мекегинцы жили на хуторах Шинкалабухна, Айсала-Как, Аялакаб и Декатара и враждовали между собой, но нашествия соседних народов и иностранных поработителей заставили их объединиться.
В Средневековье основным занятием населения было земледелие. Ни садоводством, ни ремеслами, как другие даргинцы, мекегинцы не занимались. К этому времени были освоены наиболее плодородные и легкодоступные пахотные земли в достаточном количестве, чтобы прокормить себя.
Первые фактические источники существования Мекеги относятся к XIV в. и связаны с нашествием Тимура. До принятия ислама мекегинцы были иудеями, примерно с IX в., еще раньше — язычниками, поклонявшимися огню, солнцу, животным.
Как и у других «вольных обществ», у Мекегинского была своя территория. Ее строго охраняли от покушения соседних селений. Сюда входили пастбищные, покосные, пахотные земли и лес.
Более 600 мекегинцев участвовало в Великой Отечественной войне. Погибло и пропало без вести более 290 человек. Многие вернулись с фронта с боевыми орденами и медалями.